近年國內代理教師權益逐步改善，但薪資起敘基準仍存在制度漏洞。台灣教育產業工會等9大工會指出，目前僅教育部國教署與台北市政府所轄學校落實按學歷敘薪，其餘縣市對未具合格教師證的代理教師，卻出現「碩博士按學歷起薪，學士遭資格限制層層扣薪」的雙重標準，月薪比原應支領的2萬5050元少約760至1530元。
台教產法制事務中心副執行長林金財表示，依「高級中等以下學校兼任代課及代理教師聘任辦法」第16條第1項及第2項規定，代理教師待遇支給基準明定「由教育部定之」，確立中央統一規範的法定權責，地方政府不應自行訂定標準，變相扣減代理教師薪資。
林金財進一步指出，依教育部「國立高級中等以下學校與特殊教育學校兼任代課及代理教師聘任實施要點」第7點，未具合格教師資格的代理教師，應比照「教師待遇條例」附表二，按學歷核敘薪資，學士、碩士及博士分別以190、245及330薪點起敘，薪額分別為2萬5050元、2萬9270元及3萬5010元。
然而，工會檢視地方實務發現，多數縣市代理教師敘薪規範卻出現矛盾及雙重標準。面對同樣未具合格教師證的代理教師，若具碩士或博士學歷，主管機關便按學歷分別以245或330薪點核敘；但對於同樣承擔教學工作及現場責任的學士級代理教師，卻設下多重資格審查，依是否具教師證或修畢教育學程，將起敘薪點降至170或180點，薪額分別減為2萬3520元及2萬4290元。
宜蘭縣教師職業工會理事長蕭家怡認為，這種「碩博寬鬆看學歷、學士嚴苛卡資格」的作法極其荒謬。面對同樣站在第一線教學的代理教師，體制卻因學歷不同採取雙重標準，不僅法理邏輯矛盾，更是在制度上實施差別待遇，變相剝削基層教育人員的勞動價值。
蕭家怡也指出，銓敘部已於115年8月28日修正發布「公務人員曾任公務年資採計提敘俸級認定辦法」，正式放寬並承認公立高級中等以下學校代理教師的等級相當年資，可採計為公務人員提敘俸級。她擔心，若代理教師起敘基準不符合平等原則，也可能進一步影響未來轉任公務人員時的提敘權益。
為此，台灣教育產業工會、台南市教育產業工會、高雄市教師職業工會、屏東縣教育產業工會、宜蘭縣教師職業工會、基隆市教師職業工會、苗栗縣各級學校產業工會、新竹市教師職業工會及新竹縣各級學校產業工會聯合提出兩大政策訴求。
第一，要求大學畢業代理教師一律以190薪點起敘，地方政府廢止170、180薪點規定，不論是否持有教師證或修畢教育學程，均應按學歷核敘，並由教育部督導各縣市落實一致標準。第二，呼籲各縣市長參選人將代理教師公平敘薪納入教育政見，要求地方政府儘速修正敘薪簡表，並追溯實施。
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