山邊媽祖南下巡安贊境，9、10日首入府城，但山邊媽神轎卻闖入台南孔廟、停轎大成殿前惹議；另台灣首廟天壇主祀玉皇上帝，破例開中門、香案置於象徵天公路的中路迎接，山邊媽神轎也未行跪拜禮更引發議論。山邊媽祖宮今發聲明致歉。
台南孔廟外立有「下馬碑」，碑文意指不論是文官、武將還是普通百姓，經過此處都必須下馬步行，藉此表達對「萬世師表」孔子的極高崇敬，此次山邊媽祖闖入、停轎大成殿，遭網友撻伐。此外，山邊媽首次入天壇參拜，天壇開中門、設香案桌迎接，也遭批因人為使得天公自降神格，更不見山邊媽神轎向玉皇上帝行跪拜禮，且最後神轎竟「迴轉」用轎尾對著玉皇上帝，被視為大不敬，接連引發議論。
財團法人苗栗縣山邊媽祖宮董監事會今日透過官方臉書發聲明表示，「關於這次大台南贊境之旅，讓團隊見識到古都的文化厚度，以及學習到中華文化的倫理學精髓。整個活動雖順利落幕，但廟方對於『台灣首廟天壇』與『台灣首學 台南孔廟』的不當行為，在此向兩個單位深深鞠躬，並對您們說聲『對不起』，同時也『感謝您們』，讓我們有一次反省的機會，對於未來的贊境活動規劃可以做得更圓融更謙卑，並且建立在一個「尊重與倫理」的基礎上持續精進。『對不起，我們錯了，因此造成二個單位的困擾，我們將擇日登門致歉』。」