苗栗山邊媽祖宮神轎未經申請同意，直接進入「全台首學」台南孔廟大成殿，引發禮制爭議。台南孔廟文化基金會在官方臉書發表聲明後，網友留言迅即湧入逾500則，多數力挺孔廟維護禮制與場域規範，也有人質疑山邊媽祖宮的隨行人員行事欠缺尊重，甚至指出神轎進入天壇（天公廟）中門，同樣引發議論。
有網友認為，不論神明信仰或神格高低，進入他人管理的場域，都應遵守基本規範，「沒申請就不對了，孔廟發聲明也沒問題」，並反問：「你會闖進別人家嗎？」也有人直言，若以「神明旨意」作為不遵守人間禮制的理由，難道哪天無預警闖入你家，「侵門踏戶」也能以神意解釋？
神格與歷史淵源也成為網友討論焦點。有網友認為，山邊媽祖是「天后」，地位高於孔子「諸侯」；也有人從歷史年代切入，指出孔子生於春秋末期公元前551年，距今2577年，媽祖則生於北宋公元960年，距今1066年，「孔子比媽祖大」。另有人認為，這類爭議不該演變成孔子與媽祖的對立，真正需要負責的是帶隊及安排活動的主事者。
對於神轎「靈動或人動?」究竟是神明旨意，還是人為安排，也有網友提出質疑，認為應回歸現實層面檢視轎班及隨行人員的決策，避免將所有爭議都歸因於神明。
也有不同聲音認為，既然是邀請山邊媽祖宮到台南參與活動，主辦單位理應事先與在地廟宇溝通，了解相關信仰習俗及可能的行程安排，不能在事後將責任全推給苗栗廟方。有網友直言，若事前溝通不足，主辦單位也應出面說明，釐清活動規劃與責任歸屬。