立法院已於9月29日開議，總質詢即將展開，不過，九合一選舉倒數不到60天，負評一度飆近90％的國民黨立委翁曉玲，最近恐被立法院國民黨團噤聲。過去在國民黨團「政黨質詢」名單總排在前面、扮演衝鋒陷陣的角色，不過，新會期國民黨團提出的「政黨質詢」27人名單，並沒有翁曉玲。
立法院新會期29日開議，按照慣例由行政院長卓榮泰進行施政報告，民進黨立委林俊憲表示，國民黨照慣例一定會杯葛不讓卓榮泰上台，但藍委在卓榮泰報告時全部不見，評估認為是在「搶救萬安大兵」，連翁曉玲都異常冷靜，可見蔣萬安選情真的非常危急，國民黨現在暫時恢復正常，「就來看看能持續多久」。
翁曉玲在上會期凍刪總統府國務機要費，影響庇護工場中秋節月餅採購，讓立院國民黨團總召傅崐萁率領書記長許宇甄舉行記者會，公開鞠躬道歉，有縣市首長表達「希望翁曉玲能夠安靜」，甚至嚴重到國民黨團總召傅崐萁致電叫翁「閉嘴」。
不過，翁曉玲仍認為自己堅持凍刪3000萬元國務機要費是理直氣壯，甚至還在事後解釋，自己提出的法案是經由黨團支持才能通過，之前已傳出區域立委揚言，未來不再連署翁曉玲提出的任何案子，以免影響選情。
翁曉玲擔任立委後爭議不斷，包括質詢前閣揆陳建仁時，強調立委對行政院長質詢是「上對下」關係；審查預算時，她用同樣的預算提案內容複製貼上，一稿多用到處刪除各部會預算；刪除文化部宣傳費及公視預算時，還辱罵文化預算是「青鳥的飼料」。
不僅如此，翁曉玲身為法學教授、立委，卻在看電影時插隊，還涉及盜錄影廳畫面。她也多次強調「我是中國人」，甚至稱奧運羽球金牌麟洋配是「中國人的驕傲」，一邊高喊「我是中國人」，一邊又提案「軍人投共減刑」。而修憲法訴訟法，讓憲政運作與憲法法庭一度面臨重大衝擊。